Pierwsze morskie artykuły wojenne, czyli inaczej pierwszy regulamin służby okrętowej, pojawiły się w polskiej flocie po raz pierwszy za panowania Zygmunta Augusta pod postacią Ordynacji (1571 rok) i regulowały tok życia na okrętach, a ponadto określały prawa i obowiązki kapitanów oraz marynarzy zwanych caustodes maris - strażnicy morza. W myśl wspomnianego regulaminu przeklinanie i bluźnierstwa karano zgodnie z artykułem I, który przewidywał za tego rodzaju przewinienie: pokutę, utratę części łupów, pławienie w wodzie, a nawet ciężkie więzienie i postawienie przed sąd Komisji Morskiej. Równie szeroki wachlarz kar przewidywał artykuł V za znieważenie współtowarzyszy bądź za marnotrawstwo pożywienia. Za tego rodzaju przewinienia przywiązywano do masztu, karano grzywną albo przeciągano pod stępką. Niezwykle surowe kary przewidywano za tchórzostwo wobec wroga, ucieczkę z pola walki, sprzeniewierzenie się złożonej przysiędze na wierność bądź też przejście na stronę nieprzyjaciela. W każdym wypadku groziła kara śmierci. Stosowano ją w najprzeróżniejszy sposób: przez rozstrzelanie, powieszenie na noku rei, wyrzucenie za burtę (co przy powszechnej wśród ówczesnych marynarzy nieumiejętności pływania równało się śmierci) etc. Za samowolne opuszczenie okrętu groziła kara chłosty, zaś za bunt lub uczestnictwo w spisku - kara śmierci. Bardzo interesujący z punktu widzenia obyczajowości marynarskiej był artykuł VIII, który przewidywał swego rodzaju sąd marynarski polegający na walce zapaśniczej na wysuniętej poza burtę okrętu drewnianej belce. Była to łagodna odmiana "sądu bożego”, gdyż walczono bez broni, pokonany zaś, nawet gdy spadł z belki do wody, najczęściej asekurowany był linką. To tzw. "przepierzanie się” przekształciło się z czasem w zabawę, nader chętnie stosowaną na współczesnych okrętach, zwłaszcza szkolnych. Tak jak ongiś każdy członek załogi może wyzwać przeciwnika i stoczyć z nim walkę na bomie bądź wytyku, używając do strącania przeciwnika wypchanego worka marynarskiego, odbijaczy itp.

Sroga - wprost nieludzka - kara groziła za wyciągnięcie miecza lub noża przeciwko koledze. Za taki czyn artykuł XI przewidywał przybicie skazanego za rękę do masztu, wręczenie mu noża i pozostawienie go tak do czasu, aż się nie uwolnił, tzn. póki wręczonym mu nożem nie odciął sobie przybitej dłoni.

Pijaństwo, zaniedbywanie się na służbie, drobne naruszanie dyscypliny karano najczęściej chłostą, lecz za nieuwagę, w wyniku której na przykład udało się uciec pojmanemu jeńcowi, groziła kara śmierci. Jeden z końcowych artykułów (XXVI) określał funkcje i uprawnienia generalnego profosa, który otrzymawszy nominację z rąk komisarzy królewskich sprawował obok kapitana sądy na okręcie. Każde przeciwstawienie się rozkazom profosa, podobnie jak kapitana, karane było chłostą, a w poważniejszych wypadkach śmiercią. Do tych bardzo szczegółowych przepisów, regulujących tok służby na królewskich okrętach strażniczych, dołączono rotę przysięgi marynarzy i żołnierzy piechoty morskie] na wierność i posłuszeństwo królowi oraz jego komisarzom.

Treść Ordynacji w mało zmienionej redakcji obowiązywała również w regularnej flocie wojennej Zygmunta III, aczkolwiek artykuły stale nowelizowano i dostosowywano do aktualnej sytuacji. Regulamin obowiązujący we flocie Zygmunta III występował zdecydowanie przeciwko obecności kobiet na pokładach okrętów. Artykuł II groził karą za wprowadzenie na pokład okrętu kobiety lekkich obyczajów, ją zaś samą wyrzucano po prostu za burtę. Nie wolno też było wprowadzać na pokład okrętu żon bez wyraźnego pozwolenia kapitana lub szypra. (Znany jest zwyczaj sprawdzania nóg marynarzy w kojach przed capstrzykiem. Po stopach rozpoznawano, czy na posłaniu nie ma kobiet). Niestawienie się na apel karano najczęściej grzywną, lecz za niestawienie się na alarm, jeśli okręt wychodził na morze, karano śmiercią. Artykuły tak jednego, jak i drugiego regulaminu zdecydowanie zabraniały jakiegokolwiek rozboju, za który groził sąd wojenny.

Jak już było powiedziane, postawienie pod sąd wojenny i kara śmierci groziła również za udział w buncie. Przyczyną buntu na okręcie lub statku były najczęściej warunki bytowe, nędzne lub nawet żadne wynagrodzenie oraz brutalne traktowanie przez zwierzchników. Nie bez znaczenia pozostawał fakt, iż członkowie załóg rekrutowali się z mętów społecznych, awanturników i rzezimieszków niezwykle skorych do wszczynania najprzeróżniejszych burd i awantur. Tych ludzi można było utrzymać w karbach tylko dzięki żelaznej dyscyplinie. Z drugiej zaś strony właśnie brutalność i nadużywanie władzy przez zwierzchników stanowiły źródło licznych buntów zarówno na okrętach wojennych, jak i statkach handlowych. Ze słynnych znany jest bunt na statku "Batavia" należącym do Kampanii Wschodnio-Indyjskiej (XVII wiek). Spiskowcy stanęli przed sądem wojennym i zostali surowo ukarani.

W wielkiej karności starano się utrzymać chłopców okrętowych. Nie wolno im było flirtować z kobietami, pić alkoholu, palić tytoniu, a nawet słuchać nieprzyzwoitych dowcipów. Gdy zaczynano opowiadać "słone kawały” w pomieszczeniach statkowych, padała wówczas komenda: ”Chłopcy na pokład!”

Sądy wojenne wzięły swój początek prawdopodobnie ze starego „Sądu Rycerskiego”, który był sądem wojskowym powołanym przez króla lub księcia. We flocie polskiej Zygmunta III sądom wojskowym przewodniczył admirał, jeżeli karany był któryś z członków stałej załogi. Jeżeli natomiast winowajcą był zaokrętowany żołnierz piechoty morskiej, sądowi wojskowemu przewodniczył dowódca żołnierzy piechoty morskiej. W skład sądu wchodzili oficerowie, od których wyroku nie było odwołania. Kapitanów sądzili zaś komisarze królewscy. Wyrok zatwierdzał sam król.